Il sera condamné à mort en 1850, mais sa peine est commuée en travaux forcés à perpétuité. Un conflit idéologique et organisationnel s’installe entre Marx et Bakounine. Deux logiques du socialisme s’affrontent. Mikhaïl Bakounine réfute toute idée d’avant-garde révolutionnaire, et rejette également toute idée d’étape temporaire d’un État socialiste pour la réalisation d’une société communiste sans classes ni État. Mikhaïl Bakounine déclare toutefois « détester le communisme », parce affirme-t-il « il est la négation de la liberté ». L’idée de liberté chez Bakounine n’est pas toutefois une affaire individuelle mais une question sociale.